装备系统是提升忍者战力的核心要素之一。装备分为基础装备、饰品、忍具和勾玉四大类，每类装备对属性的加成方向各有侧重。基础装备包括武器、帽子、衣服等六个部位，强化顺序建议优先提升武器和戒指的攻击属性，其次是帽子等防御型装备。饰品洗练时暴击属性对战力提升最显著，其次是攻击和生命属性，抗暴和防御属性则更适合特定战斗场景。装备进阶需要消耗铜币和幻彩石，满级后可进一步突破属性上限。
忍具系统是后期战力提升的关键，分为普通忍具和究极忍具两种品质。忍具继承时需注意同品级或更高品级转换，否则可能导致战力下降。忍具藏馆激活不会消耗材料，但精炼会永久消耗忍具，建议在集齐四件以上套装时再考虑精炼重复忍具。秘境挑战是获取高品质忍具的主要途径，角色等级越高，获得橙色忍具的概率越大。部分特殊忍具如晓组织套装能提供独特的战斗特效，如概率触发霸体或查克拉恢复。
勾玉镶嵌能显著增强装备属性，每个装备最多可镶嵌五颗勾玉。勾玉通过妙木仙境副本、商城购买和组织商店兑换三种方式获取，高等级勾玉可通过合成低阶勾玉升级。三星级以上勾玉带来的战力加成尤为明显，建议优先镶嵌攻击型和暴击型勾玉。勾玉系统与装备强化形成互补，在装备达到一定强化等级后，勾玉加成的边际效益会更高。
查克拉武器和特殊装备具有独特的战斗价值。如查克拉手术刀不仅能造成高额伤害，还附带治疗效果；写轮眼面具可提升闪避概率创造反击机会。这类装备通常通过限时活动或高难度副本获取，需根据忍者特性搭配使用。防御型装备如天天护手能有效抵挡查克拉攻击，在面对特定忍者时具有战略意义。远程武器如手里剑在前期过渡阶段仍能提供稳定的输出保障。
