口袋妖怪火红版本中技能机器（TM）和秘传机（HM）的分布直接影响队伍培养效率。技能机器01气合拳位于115号道路流星瀑布入口左旁的沙滩，需使用冲浪技能到达上方区域，上岸后沿小绿洲走到山脚处拾取。技能02龙之爪在流星瀑布内部，攀瀑后进入深处洞穴，乘浪至尽头在特定区域拾得。技能04冥想需挑战トクサネシティ市的超能力道馆双胞胎馆主获胜后获得。技能07冰雹位于トクサネシティ市上方的潮香山洞，退潮时进入最底层冰面区域获取。
秘传机方面，HM01居合斩在枯叶市圣安奴号船长室完成任务后获得，用于清除小树障碍。HM02飞天需在彩虹市左侧房屋与小妹妹对话获取，允许快速返回已访问城镇。HM03冲浪通过击败红莲岛道馆馆主夏伯后取得，是探索水域的关键技能。HM04怪力在华蓝市右侧民宅内与NPC互动获得，用于推动地图中的巨石。HM05闪光在2号道路的通道内，收服10种宝可梦后与博士助手对话领取，可照亮黑暗洞穴。
ハジツゲタウン镇左侧与携带小恶犬的绅士对话可获得技能05吼叫。ルネツティ镇冰水道馆左上角小屋内的功夫男教授技能31瓦割。カイナシティ市战斗帐篷左上角的水手男会传授技能41折磨。ミナモシティ市百货公司4楼右侧柜台售货员处可购买技能16光之壁、17神秘守护和20神秘守护，每项售价3000日元。
特殊技能获取途径包括代币兑换和隐藏道具。キンセツシティ镇赌场可用4000代币兑换技能13冷冻光束，3500代币兑换技能29精神干扰。暴风沙漠南方尽头藏有技能37沙尘暴。ヒワマキツティ镇右方120号道路横桥下的小洞窟内可找到技能11放晴。冠军山洞瀑布右侧上岸后沿楼梯下行可拾取技能29精神干扰，该技能也可通过赌场代币兑换获得。
技能学习限制需注意，每台技能机器仅能使用一次，且会分走携带精灵50%的经验值。火红版独占技能包括技能23钢之尾和技能40燕返，前者在流星瀑布左上角附近，后者需挑战ヒワマキツティ镇飞行道馆馆主获胜后取得。技能26地震作为强力地面系技能，可在海洋团海底基地最深处拾取，或通过Lv91-100拾荒特性精灵战斗后概率获得。
技能属性克制关系对战斗效率至关重要。火系技能38大字火对草系效果显著，水系技能22太阳光束需蓄力但威力巨大。电系技能25闪电可克制水系与飞行系组合，超能系技能29精神干扰对毒系与格斗系有优势。玩家应根据道馆挑战顺序合理分配技能机器，如前期岩石系道馆优先配备水系或草系技能，后期联盟战需准备多种属性技能应对不同对手。
